Miközben a püspökök általánosságban elítélték a terrorizmust, az iszlamofóbiát és az antiszemitizmust is, a keresztények közel-keleti szenvedéseiért egyértelműen Izraelt tették felelőssé.
A zsidó állam bűnlajstromán a Vatikán szerint többek között a palesztin földek „megszállása", a Nyugati Partot körülvevő biztonsági kerítés, a katonai ellenőrző pontok felállítása, a „politikai foglyok" bebörtönzése, a palesztin házak lebontása és a palesztin lakosság társadalmi-gazdasági életének megzavarása szerepel. A kiváltó okokról, az Izrael elleni évtizedes palesztin terrorháborúról, a rakétasortüzekről és a különböző palesztin irányzatok - elsősorban a Fatah és a Hamasz - közötti belháború pusztításáról szó sem esik.
Danny Ajalon izraeli külügyminiszter-helyettes bírálta a püspökök határozatát: „A vatikáni szinódus az arab propaganda fórumává vált." A vatikáni fórumon a legélesebb kritikát Cyril Salim Bustros libanoni származású érsek fogalmazta meg Izraellel szemben.