Mercury Farrokh Bulsara néven látott napvilágot 1946. szeptember 5-én a kelet-afrikai Zanzibárban, zoroasztriánus, párszi szülők gyermekeként. Családnevüket a vallás indiai fő központjáról, Bulsarról eredeztették. A kis Farrokh szüleitől távol, a bombayi Szent Péter bentlakásos fiúiskolában nevelkedett, ahol több sportágban is jeleskedett. Itt vette fel a Freddie becenevet, és itt alapította meg zongoristaként első zenekarát. Ezt követően a szintén indiai Szűz Mária Középiskolában érettségizett, majd hazarepült Zanzibárba. Ám az 1964-es zanzibári forradalom elől a brit hivatalt képviselő családnak Londonba kellett távoznia, ahol Freddie művészetet tanult, és grafikus designer diplomát szerzett.
A Led Zeppelin- és Rolling Stones-rajongó, csöndes, félénk fiú ekkor mindenféle alkalmi munkából tartotta fönn magát, míg végül rátalált a gitáros Brian May és a dobos Roger Taylor Smile (Mosoly) nevű zeneka-rára a hetvenes évek elején. A banda nevét Queenre, azaz Királynőre változtatta, mely egyébiránt az angol szlengben a transzvesztitákra utaló jelentéstartalommal is bír. Döntését később így indokolta: „Kétségkívül tudatában voltam a név homoszexuális mellékzöngéjének.”
Első albumaikon Freddie elsősorban keresztény vallási témákat feszegetett. A Great King Rat például arra szólította fel hallgatóit, hogy „ne higgyenek el mindent, ami a Bibliában olvasható”, a Liar pedig egy gyóntató pap elutasító magatartását taglalta. Ellenben a Led Zeppelin hatására több dalban is megénekelték a Mercury által gyerekkorában megálmodott misztikus „Rhye királyságot” (Seven Seas of Rhye, Lily of the Valley).
Sokoldalúságát igazolja, hogy számtalan stílusban szerzett dalokat a rockabillytól a heavy metálon át a diszkóig a bandatagok által „agresszív és türelmetlen játékosnak” jellemzett Freddie. „Nekem a Queen-dalok olyanok, mint egy eldobható papírzsebkendő: jópofák, kellemes dallammal, s ez minden. Aztán írok még egyet…” – mondogatta.
Annak ellenére, hogy természetes hangja a bariton volt, a legtöbb dalt tenorban adta elő a közel négy oktáv hangterjedelmű énekes. A Queent a dalokon túl Mercury karizmatikus előadásai tették világhírűvé. Koncertjeiken rendszeresen „gitározott” a mikrofonállvánnyal, énekpárbajt vívott a közönséggel, vagy épp rávette rajongóit, hogy a refrént nélküle énekeljék el. Szexuálisan túlfűtött színpadi mozgása pedig egyenesen megigézte az orientációjának titkát évtizedekig nem ismerő gyengébb nemet. Egy alkalommal előadásmódjáról így nyilatkozott: „Van egy machós, férfias leplem, amit a színpadon öltök magamra, de van egy sokkal lágyabb oldalam is, mely olvadékony, mint a vaj.”
A hetvenes években még egy hosszú távúnak kinéző partnerkapcsolatban élt egy Mary Austin nevű hölggyel, akihez többek között a Love of My Life című sikerdalát is címezte, ám viszonyukat Mercurynak egy férfi technikussal létesített egyszeri szexuális kapcsolata zátonyra futtatta. A nyolcvanas évekre már rendszeres látogatója volt a New York-i és müncheni homoszexuális bároknak, ahol is számtalan partnerre tett szert, melyek közül a „legtartósabbnak” a HIV-fertőzött Jim Hutton fodrásszal létesített kapcsolata bizonyult. A Queen pihenőidőszakaiban féktelenül kicsapongó partikat tartott, egy alkalommal a teljes baráti köre számára repülőt bérelt, hogy a frissen felfedezett playboy-szigetre, Ibizára reptesse őket. Ha valamit vagy valakit megkívánt, arra semmi pénzt sem sajnált: „Nekem igazából sok szeretetre van szükségem, és rettenetesen elkényeztetem a szeretőimet” – vallott magánéletéről. Zenéje és életmódja számtalan meleg előadót befolyásolt George Michaeltől Rob Halfordon (Judas Priest) át a Frankie Goes to Hollywoodig.
1985-ben jelentette meg Mr. Bad Guy című, önéletrajzának is tekinthető szintipop szólóalbumát, melynek sikerét követően életvitelét némiképp visszafogta, ám sajnálatos módon már túl későn. Annak ellenére, hogy a nyolcvanas évek végén szinte alig mutatkozott a nyilvánosság előtt, a lapokban megjelenő paparazzi fotók láttán megindultak a találgatások az egyre soványodó sztár egészségi állapotát illetően. 1991. november 23-án egy közleményben jelentette be, hogy AIDS-betegségben szenved, melybe másnap bele is halt. Két nappal később zoroasztriánus temetésen búcsúztak tőle.
Zenei tehetségét és emberi méltóságát tiszteletben tartva, kortárs zenészek is intő példát láttak tragikus történetében. Phil Collins például egy alkalommal így nyilatkozott: „A legnagyobb tiszteletem és szeretetem iránta. De ha olyan kicsapongó életet élsz, amilyet ő, mindig az AIDS kockázatával játszol.”
2006-ban, születésének 60. évfordulóján a szülőföldjén, Zanzibárban, tekintettel arra, hogy életmódja teljes egészében ellentétes volt a helyi vallási és közerkölcsökkel, a kulturális minisztérium megtagadta a hivatalos állami megemlékezés megrendezését.