A sziget integető keze, a majd’ 160 éves világítótorony, rengeteg titok őrzője. De a Szikla (ahogy a szigetet nevezik) misztikus története jóval a hódítók előtt kezdődött. A kontinens őslakói csak „Gonosz szigetként” tartották számon; úgy vélték, a pici földdarabot átok sújtja. A törzsi törvényeket áthágók egyik legfőbb büntetésének számított a szellemek lakta szigetre való száműzés.
A sziget mai neve spanyol eredetű; egy spanyol ajkú tengerésztiszt Pelikánok szigetének (La Isla de los Alcatraces) keresztelte még 1775-ben, mivel tekintélyes tengerimadár-kolónia található a szirteken. Mexikói fennhatóság alól a 19. században került észak-amerikai kézbe, akik először katonai helyőrséget emeltek a madárfészkek fölé, mely a polgárháború során erődként szolgált. Amellett, hogy a nyugati part védelmi háromszögének stratégiai pontja volt, megkezdte legjelentősebb működését is: hadifoglyok börtöne lett. Civil fogvatartottakat először az 1906-os pusztító San Francisco-i földrengés után szállítottak Alcatrazba. Az öböl tejfehér ködjében ezután mind több fogoly tűnt el, és legtöbbjüket sosem látták viszont. Az Alcatraz Szövetségi Fegyház 1934 augusztusában nyitotta meg kapuit. A két világégés közötti viharos időszak és a szesztilalom gengsztervilágának színe-java itt kötött ki – már akiket sikerült lépre csalni.
Közülük talán a leghírhedtebb Al Capone volt. Az illegális szeszforgalmazás révén „felemelkedett” olasz férfi 1925 és 1931 között volt a chicagói alvilág és maffia feje. A keresztapára soha egyetlen gyilkosságot sem sikerült rábizonyítani, 1931-ben adócsalás miatt mégis rács mögé került. Az atlantai szövetségi börtönből biztonsági okokból szállították Alcatrazba 1934-ben. A Sziklán többször összetűzésbe került a híres bankrablóval, James Lucas-szal, aki egy alkalommal hátba is szúrta. Capone egyébként sem örvendett túl nagy népszerűségnek rabtársai között, akik azért közösítették ki, mert nem vett részt egy börtönlázadásban. A börtönzenekarban viszont mint bendzsós vállalt szerepet. Öt év múlva szabadult.