Budapesten született 1909. november 24-én. Szülei (Mérei Gáspár Géza és Klein Valéria) fényképészek voltak, műtermük a pesti Thököly úton állt. Apja halála után három féltestvérrel együtt édesanyja nevelte. A tehetséges, de nyugtalan Ferenc a nyolc gimnáziumi osztályt öt intézményben végezte el. Már gyerekként rengeteget olvasott, akár 4-500 oldalas könyveket is egyvégtében. Érettségi után, 1928-tól a párizsi Sorbonne-on tanult. Politikai gazdaságtannal, statisztikával, irodalommal és tizenegy nyelvvel foglalkozott. Két diplomát szerzett; egyet a pályaválasztási tanácsadó főiskolán, és egyet a Sorbonne bölcsészkarán. Végül a gyermekpszichológia és a pályaválasztási tanácsadás kötötte le igazán. Az egyetemen Henri Wallon tanai keltették fel a figyelmét, az ő nyomán alakította ki saját kulcseszméjét, amelynek lényege: az ember társas meghatározottsága.
Még Magyarországon, az író-képzőművész Kassák Lajos hatására került kapcsolatba a munkásmozgalommal. A magyar szociáldemokrata és kommunista párt tagja lett. Itthon ezért letartóztatták, majd kiutasították, így titokban tért vissza Franciaországba, ahol 1930-ban belépett a francia kommunista pártba. 1934-ben friss diplomásként jött haza, de állást nem kapott, így az Állami Gyermeklélektani Intézetben, majd a Gyógypedagógiai Tanárképző Főiskolán dolgozott fizetés nélküli pszichológusként. Ekkor kötött házasságot a gyógypedagógus Molnár Veronikával. Mérei fő kutatási témája az egyénre ható társas élmény volt. Első jelentős tanulmányait is ebben az időszakban írta A gombozó gyermek és Az országépítő gyermek címmel, de mivel fizetést továbbra sem kapott, nyelvtanításból élt.
Ám a zsidótörvények miatt végleg állás nélkül maradt, majd behívták munkaszolgálatosnak. 1942–44 között a keleti fronton végzett kényszermunkát. A frontvonalon átszökve szovjet hadifogoly lett, ekkor csatlakozott a Vörös Hadsereghez. 1944 decemberében tért haza szovjet századosként.