Balog Zoltán két évvel az '56-os forradalom után született egy első generációs refomátus lelkészcsaládban. Édesapja parasztfiúból lett igehirdető, édesanyja katonatiszt lányaként tanulta ki a szülésznők mesterségét, és kántorként segítette urát. A háború után apja még látott fantáziát az új rendszerben, így a Magyar Demokratikus Ifjúsági Szövetség Borsod megyei szervezőtitkára lett, ám Zoltán születésére mindebből már csak a szociáldemokrácia iránti elkötelezettség maradt. A lelkész apa társadalmi programként akarta megvalósítani az evangelizálást, és felvidéki, illetve holland protestánsokkal tartotta a kapcsolatot. Ebből előny és hátrány is származott a Balog családnak. Az előnyök között említhetjük a fiú „nyugati" használt ruháit és a havi rendszerességgel érkező guldeneket, a hátrányok között pedig a hatósági zaklatást a külkapcsolatok miatt. Ennek ellenére nehezen éltek, ezért édesapja másodállásban agronómusként próbálta kiegészíteni a család jövedelmét.
Zoltán 14 éves koráig egy ezerfős, kis borsodi bányászfaluban, Nekézsenyben gyerekeskedett, majd a szülői házat hátrahagyva a Debreceni Református Kollégiumban folytatta tanulmányait. Halász Zsuzsa 2006-os interjúkötetében bevallja, hogy ekkortól engedett utat a benne felhalmozódott lázadó gondolatoknak. A hitet egyfajta életét beszűkítő erkölcsi korlátnak, egyháza akkori állapotát pedig belterjesnek, fullasztónak érezte. Harmadikos gimnazistaként látványosan szakított az atyai hagyományokkal, melyet azzal tetőzött be, hogy jelentkezett a Ki tud többet a Szovjetunióról? elnevezésű országos vetélkedőre, ahol 720 iskola közül a debreceni reformátusok az előkelő negyedik helyet szerezték meg. Jutalomból a Szovjetunióba utazhattak. Édesapja csak úgy volt hajlandó elengedni renitens gyermekét, ha az hajlandó Bibliákat csempészni. Tanácsára baptistákat kerestek a szállítmánnyal Szocsiban, de még a nagy nehezen fellelt gyülekezet is provokátoroknak gondolta őket. A tesztkérdést Zoltán szemébe nézve tette fel a kántor: „Do you love Jesus Christ?". A megnyugtató igenléssel egyszersmind a magyar lelkészgyerek „istentelen" korszakának is vége szakadt.
A gimnáziumból annak ellenére rúgták ki, hogy egyik diáktársával ketten vezették az internátus diákönkormányzatát. Az érettségi szünet előtt két héttel ugyanis fogadásból a szemközti pártház csillagára énekelték a székely himnuszt, amit egy szemfüles munkásőr nyomban jelentett is. Kicsapása szintén azt a kettősséget illusztrálta számára, amely egyháza viszonyát jellemezte az elnyomó rendszerhez. 1976-ban engedték leérettségizni.