Mint arról a Hetek több esetben is írt, Szegedi Csanád és testvére a Borsod megyei Jobbik-szervezet vezetéséért személyeskedésig fajuló háborúba keveredett a borsodi radikális vezérrel, Endrésik Zsolttal. Endrésiket a Jobbik egy társával együtt kizárta a soraiból, de a legutóbbi kongresszuson Szegedi Csanád elvesztette az alelnökségért folytatott versenyt. A Jobbik elnöksége egyébként több borsodi szervezetet feloszlatott, így került sor az új elnökválasztásra Borsod-Abaúj-Zemplén megyében, amit több mint 90 százalékos arányban Szegedi most megnyert.
A hatalmi harcban azonban Szegedi súlyos ütéseket kapott, ugyanis kritikusai nyilvánosságra hozták - pontosabban e-mailben terjesztették - azokat az anyakönyvi kivonatokat, amelyek bizonyítják, hogy a Jobbik európai parlamenti képviselője anyai ágon zsidó felmenőkkel is rendelkezik. Szegedi Csanád nagymamája ugyanis Klein Magdolna, akit 1944 júniusában deportáltak Auschwitzba, ahonnan hazatért. Szegedi maga ismerte el, hogy hitelesek a dokumentumok. A párt házilapjában úgy védekezett, amikor azt kérdezték tőle, hogy mit szól azokhoz a körlevelekhez, amelyek zsidóként aposztrofálják, hogy: „a jelzőt nem tartom pontosnak, mert ezt szerintem egyetlen normális ember sem állította. Én 11 éve kezdtem az aktív politizálást a nemzeti oldalon, 2003 óta vagyok a Jobbik tagja, és az elmúlt 6 évben a párt országos alelnöke voltam. Nem emlékszem olyan politikai megmozdulásomra, amelyre valaki is azt mondta volna, hogy ez hazaárulás lenne, vagy nem a magyarság érdekét szolgálná."
Szegedi azt magyarázta, hogy gyermekkora óta nemzeti, keresztyén neveltetésben részesült. Édesapja fafaragó népi iparművész, aki rengeteg fejfát, emlékművet, tulipános ládát faragott. A rendszerváltás után az első adandó lehetőséget megragadva református gimnáziumba íratták, és a diplomáját is református egyetemen szerezte. „Nem azt tartom valódi vízválasztónak, hogy ki a legtisztább fajú magyar, mert sohasem az számított a Kárpát-medencében, hogy ki a színtiszta magyar eredetű személy, hanem hogy ki hogyan viszonyul a magyarság ügyéhez. A magyarság mindig vállalást jelentett, és nem valami faji felsőbbrendűséget. Számomra nemrégen derült ki, hogy vannak a felmenőim között zsidó származású emberek is" - tette hozzá Szegedi, aki a vádak hatására kezdett kutakodni a családja múltjában. Mint mondta: „Nem mondom azt, hogy nem döbbentettek meg ezek az új információk, valószínűleg még jó időnek kell eltelnie, hogy leülepedjenek bennem a történések."