Az Alkotmánybíróság tizenhét vallási közösség, az alapvető jogok biztosa és több magánszemély beadványát vizsgálta, s ezidő alatt kifogásokat fogalmazott meg a témában az Egyesült Államok Külügyminisztériuma, az Európa Tanács Velencei Bizottsága is. A jogfosztott tizenhét egyház a fenti eljárással párhuzamosan az Emberi Jogok Európai Bíróságánál is bekopogott panaszával. A strasbourgi székhelyű szervezet kérdéseire lapzártánkkal egy időben kell válaszolnia a magyar kormánynak.
Az AB az egyházügyi törvénynek csak az eljárási részét semmisítette meg (parlament általi elismerés határidő, indoklás és jogorvoslat nélkül), a tartalmi részét (pl. a megszigorított bejegyzési feltételek, az egyházak működési szabályai, stb.) fenntartotta, így az egyházakat felsoroló mellékletét is. A testület kimondta, hogy alkotmányellenes az egyházkénti elismerés kizárólagos országgyűlési hatáskörbe utalása, az viszont nem, ha az országgyűlés törvényben is elismer olyan egyházakat, amelyek köztudomásúan megfelelnek a törvényi feltételeknek. E mellett a jövőben nyitva kell hagyni az egyházkénti elismerés más – nem országgyűlés által gyakorolt – módját is.
A döntésben és az indoklásban gyakorlatilag egy az egyben visszaköszönnek az érintettek, több már elismert felekezet, jogvédők, ellenzéki pártok és több uniós szerv korábban megfogalmazott és nyilvánosságra hozott alkotmányossági aggályai. A kifogásolt rendelkezéseket az egyházi törvény hatálybalépésére visszaható hatállyal (2012. január 1.) semmisítették meg a bírák. Vagyis nem veszítették el egyházi státuszukat azok a közösségek (összesen 67), akik az új törvény alapján kezdeményezték az elismertetésüket, de ezt az országgyűlés elutasította. A továbbiakban nincs törvényi akadálya annak, hogy az elutasított közösségek az egyházi regisztert vezető miniszternél nyilvántartásba vétessék magukat. Az egyelőre nem világos, hogy konkrét rendelkezések híján ki vizsgálhatná a megszigorított törvényi feltételeknek való megfelelésüket.