A kapcsolat kifejezetten ellenségesen indult Izrael létrejöttét követően. Az 1948. május 14-én kikiáltott új közel-keleti állam ellen felsorakozó arab koalícióban nyíltan vállalta álláspontját az észak-afrikai ország, de valójában már az Izrael kikiáltását megelőző időszakban – 1947 végén – is érintett volt a zsidók elleni erőszakos cselekmények szervezésében. Az első izraeli–arab háborúban Izrael nemhogy nem pusztult el, de még újabb területeket is szerzett. A területi változásokat ratifikáló fegyverszüneti okmányokat 1949. február 24-én írta alá a két ország. A Gázai övezet ekkor egyébként két évtizedre Egyiptom katonai igazgatása alá került.
A kapcsolat a ’49-es tűzszünet után sem normalizálódott, 1956-ban pedig látványosan is kiújult Egyiptom és Izrael között a konfliktus: Egyiptom kizárta a zsidó államot a Szuezi-csatorna használatából, az Akabai-öbölben lévő Eilat kikötőjét pedig blokád alá vonta. Izrael természetesen hevesen tiltakozott, majd Nagy-Britannia és Franciaország támogatásával inváziót indított Egyiptom ellen a Sínai-félszigeten. A Szuezi-válság néven elhíresült konfliktushelyzet a Szovjetunió, az USA és az ENSZ közbelépésére végül fegyverszünettel zárult. Izrael elérte, hogy hajói a Tiráni-szoros használatával kijuthattak a Vörös-tengerre, illetve az Akabai-öbölbe. A Sínai-félszigetet is elfoglalta, bár ’57 tavaszán – Amerika és a Szovjetunió nyomására – kivonult a területről.
Egyiptom 1967. május 16-án úgy döntött, hogy az addig ENSZ-békefenntartók által felügyelt területet ismét saját katonai ellenőrzése alá vonja, Eilat kikötőjét pedig újra blokád alá veszi. Ennek következménye lett a hatnapos háború, amely során a Sínai újra Izrael kezébe került. Ezúttal viszont nem csupán a félszigettel bővült Izrael területe, az izraeli hadsereg ugyanis egy bravúros megelőző csapásnak köszönhetően elfoglalta a Gázai övezetet, a Golán-fennsíkot, valamint Ciszjordániát és Kelet-Jeruzsálemet is, mintegy négyszeresére növelve addigi területeit.