Ahogy az iszlám fundamentalizmus egyre nagyobb erőre tett szert, a keresztények számos muzulmán országban súlyos üldözések áldozataivá váltak. A katolikus egyház most mégis javítani igyekszik kapcsolatát az iráni rezsimmel, miközben egy vatikáni jótékonysági szervezet az egyik fő szószólója az Irak elleni embargó eltörlésének. A pápa példa nélküli lelkesedéssel fordul Izrael felé, ugyanakkor egyháza a palesztinok érdekeit védi, hogy ezzel megvédelmezze az arab országokban élő keresztényeket. Ezek az ellentmondások, legalábbis részben a katolikus egyház felsőbb köreiben zajló konfliktusnak tudhatók be, amely a konzervatívok és a kevésbé konzervatívok között zajlik.
Joseph Ratzinger német bíboros, a vatikáni hittani kongregáció vezetője szándéka szerint továbbra is folytatja a zsidóságot támogató nyilatkozatait abban a reményben, hogy "végül a zsidó emberek igent fognak mondani Jézus Krisztusra". Megfigyelők szerint a "Ratzinger-éra" a vége felé közeledik, és befolyásának gyengülésével a katolikus egyház erőteljesebben fog nyitni más vallások és hitek felé. A pápaváltást leszámítva Ratzinger befolyásának a gyengülése lehet az egyik legfontosabb fejlemény a 21. századi katolikus egyházban.
A Vatikán és Izrael állam kapcsolatát mindig is három tényező befolyásolta. Az egyik teológiai, az egyház és a júdaizmus kapcsolatával függ össze; a másik az, hogy az arab országokban élő katolikusok sorsa miatt figyelembe kell venniük ezen országok érzékenységét; a harmadik, hogy Erec Izrael egyúttal a "Szentföld" is.
Az Al-Aksza intifáda elmérgesítette az izraeli hatóságok és az ott működő egyházi intézmények közötti viszonyt, mivel vezető katolikus papok csatlakoztak az izraeli megszállás és különösen az izraeli katonák magatartásának kritizálásához. A vatikáni hírügynökség világosan hangot adott Izrael államot érintő kritikájának, csakúgy, mint az iszlám országokban élő keresztények állapota iránti aggodalmának.
Ciszjordánia körülzárása számos incidenshez vezetett, amikor izraeli katonai útlezárások miatt keresztény papok nem tudtak eljutni az arab falvakba, hogy az ott élő híveknek imaösszejöveteleket tartsanak, sőt néhány esetben lövöldözésekre is sor került. A hírügynökségek és más vatikáni médiumok nagy nyilvánosságot adnak az érintett területeken élő emberek szenvedéseinek is. Március közepén például a Catholic World News írt hosszasan arról, hogy a körülzárt városokba nem engedik be a gyógyszereket és élelmiszereket, és hogy a vízvezeték- és telefonhálózatot milyen károk érték, amit az újság "kollektív büntetésként" értelmezett. Az egyházi hírügynökségek azonban általában helyet adnak az izraeli szóvivők válaszainak is. A legkeményebb kritikákat Izraellel szemben a Szentföldön élő latin pátriárka, Monsignor Michel Sabah fogalmazza meg. Pásztori levelében írt azokról a "véres eseményekről, amelyek a Templom-hegyen történt vallási érzékenységet sértő provokációt követték" (Ariel Saron szeptemberi Templom-hegyi látogatására utalva). Sabah levelében kijelentette: "Azok a fiatalok és idősek, akik feláldozzák az életüket, nem azért teszik, hogy bárkit is megtámadjanak. Csak őrzik szent helyeiket, szabadságukat és életüket."
Még aggasztóbb az az egyre élesebb hang, amit magának a pápának a megjegyzéseiben lehetett mostanában észlelni. Néhány héttel ezelőtt, 175 országból érkezett diplomatákkal találkozva a pápa felhívta a figyelmet arra, hogy a közel-keleti helyzet kezelhetetlenné válhat. "Folyamatos igazságtalanságról és a nemzetközi jog megvetéséről" beszélt, "amely tiltja a területhez való erőszakos ragaszkodást".
Mindamellett a katolikus egyház szóvivői kritikáikban nem kímélték az izraeli arabokat sem. Az egyik vatikáni hírügynökség által közzétett interjúban David Yaeger, a ferences rend egyik vezetője, az egyházi jog római professzora bírálta Izrael "arrogáns hozzáállását" a palesztinokkal folytatott tárgyalások során. Ugyanakkor a februári miniszterelnök-választás előestéjén Yaeger kifejezte csalódottságát a Palesztin Hatóság elnökével, Jasszer Arafattal kapcsolatban is.
A Saron-kormányról megfogalmazott mérsékelt megjegyzéseiben kifejtette, hogy annak majd "meg kell szabadulnia attól, ami a legsúlyosabban veszélyezteti Izrael kapcsolatait a kereszténységgel", vagyis az engedélytől, amely lehetővé teszi, hogy mecset épüljön Názáretben az Angyali Üdvözlet-Bazilika szomszédságában. A Vatikán nagy nyilvánosságot adott a muzulmán országokban élő keresztény közösségeket és templomokat ért atrocitások bemutatásának.
Március elején a pápai állam kiadott egy felmérést a 2000. jubileumi év eseményeiről, mely szerint 165 ezer keresztény vesztette életét vallási vagy etnikai összetűzésekben, főleg Indonéziában, Szudánban, Kelet-Timorban, valamint Egyiptomban és Indiában.
Az egyház megtett mindent, hogy javítsa helyzetét a muzulmán világban. "Humanitárius okokra" hivatkozva újra és újra kérelmezte az Irak elleni embargó eltörlését, és Iránnal való kapcsolataiban is próbált előrelépni. Március első hetében a vatikáni külügyminiszter, Jean-Louis Tauran bíboros Teheránba látogatott, és találkozott Mohammed Hatami iráni elnökkel, ami az iszlám forradalom óta az első ilyen magas szint? vatikáni látogatás volt. Májusra tervezik a pápa hivatalos látogatását Damaszkuszba, ahol megtekinti a Nagy Umajjad Mecsetet. II. János Pál lesz az első pápa, aki ellátogat a mecsetbe.
Az év elején New Yorkban kiadott Keresztény Világenciklopédia szerint a világon jelenleg 1,9 milliárd keresztény, 1,2 milliárd muzulmán és 14 millió zsidó él. Teológiai okból a katolikus egyház új kapcsolatot akar kiépíteni a zsidósággal; a muzulmánokkal való kapcsolat fejlesztését viszont politikai szükségnek tekinti. Feltételezhetjük, hogy a zsidó hit 14 millió követőjével folytatott dialógus nagyobb hatással lesz a kereszténységre, mint az 1,2 milliárd muzulmánnal való kapcsolat, mivel a júdaizmussal való kapcsolata a katolikus hit legbensőbb lényegét érinti – véli a Haarec cikkírója.