A vagyonos családból származó Darwin először orvosnak tanult, de mivel nem bírta az operációk és a vér látványát, hamar lemondott róla. Apja unszolására ekkor Cambridge-be ment teológiát tanulni. Ez sem túlságosan vált be neki, bár érdekes módon míg a legtöbb tantárgyból rosszul állt, teológiából az ötszáz hallgató közül a huszadik legjobbnak bizonyult. Ennek is köszönhette, hogy megszerezte a B.A. (Bachelor of Art) fokozatot. Így az ide-oda csapódó, céltalan fiatalember számára úgy tűnt, a lelkészi hivatásban találja meg a helyét a világban. A sors azonban közbeszólt.
Darwin teológiai mentora, John Stevens Henslow, az akkor 22 éves Darwint beajánlotta egy világkörüli kutatóútra. Apja rosszallása ellenére vállalta a Beagle nevű hajón a kétéves utazást. A két évből azonban végül öt év lett, Darwin pedig hazaküldött beszámolóinak köszönhetően egy csapásra híres emberé vált.
Darwin anyagilag is megerősödve szülővárosába, Downe-ba költözött. Itt egy ma is megtekinthető papírlapon tudományos kimutatást készített arról, hogy érdemes-e megházasodni. A kontra oldalon ilyenek álltak: „kevesebb pénz jut a könyvekre", „borzalmas időveszteség"; a pozitív oldalon pedig ez: „állandó társ", „legalábbis jobb, mint egy kutya". Végül a házasság mellett döntött, és 1839-ben elvette unokatestvérét, Emmát, aki összesen tíz gyereket szült neki. Ma elterjedt tévhit, hogy Darwinnak a hívő családján belül is meg kellett küzdenie téziseivel.