A prágai egyetemen nagyszámú magyarországi diák tanult és végzett, akik közül többen már Husz követőiként tértek haza. Ezt bizonyítja az a felháborodott hangú levél, melyet a bécsi egyetem korábbi dékánja, az erdélyi származású Siwart János írt a zágrábi püspöknek és káptalannak 1413-ban. Ebben arról panaszkodott, hogy a zágrábi egyházmegye több papja, akikkel bécsi átutazásuk során találkozott, teljességgel Wyclif és Husz követőiként beszéltek. Hiába igyekezett jobb belátásra bírni őket, nem hallgattak intésére. Ezért azt kérte a zágrábi püspöktől és egyházi vezetőktől, hogy ne engedjék e megátalkodott eretnekeket prédikálni, hanem űzzék ki őket az egyházmegye területéről.
Az 1420-as években a huszitizmus lendületesen terjedt Magyarországon, de elsősorban nem az északi területeken, amelyek közvetlen érintkezésben voltak Csehországgal. Ennek fő oka az volt, hogy e vidékekre a húszas évektől rendszeressé váltak a huszita katonai betörések. Jan Žižka már 1423-ban és 1424-ben is megtámadta Magyarország északnyugati területeit, majd 1428-tól megsokasodtak a betörések. A húszas évek derekától ugyanis Žižka halálát követően Holý Prokop lett a husziták legfőbb katonai és politikai vezetője. Az ő álláspontja vált meghatározóvá, amely szerint az eddig elsősorban védekező harcokat folytató huszitáknak ellentámadásokat kell kezdeni a szomszédos országok ellen, hogy megfélemlítsék őket, és elvegyék a kedvüket a Csehország elleni újabb támadásoktól.
Ennek megfelelően nemcsak Szászországot, Brandenburgot, Bajorországot, Ausztriát, hanem Magyarországot is sorozatos támadások sújtották. A Felvidék nyugati részén egész vidékeket dúltak fel a husziták rabolva, fosztogatva, sokféle erőszakosságot elkövetve, amiknek híre messzire terjedt.
E martalócként viselkedő katonák csak nevükben voltak husziták, cselekedeteik kiáltó ellentétben álltak a Husz által hirdetett evangéliumi igazságokkal. Mint az egyháztörténetben már több ízben, ekkor is névleges keresztények torz cselekedetei oltották meg jelentős tömegek érdeklődését a tényleges kereszténység iránt.
Az ország középső és déli területein azonban megmaradt az emberekben a vágy a hamisítatlan keresztény hit iránt.
A magyarországi huszita mozgalom a Délvidék egyik Duna menti városából Kamoncból indult ki. A város polgárai még katolikusként elhatározták, hogy egy Balázs nevű tehetséges ifjút egyetemen fognak taníttatni, magukra vállalva annak költségeit, hogy aztán majd e tanult ifjú legyen a papjuk. Balázs el is végezte a prágai egyetemet, és tudós lelkészként érkezett haza. Csakhogy Prágában a huszitizmus hívévé vált, és Kamoncban már nem a katolikus egyházi tradíciót hirdette, hanem a bibliai igazságokat. E téren nem volt egyedül, mivel hamarosan két másik, Prágában végzett és ott huszitává lett fiatal pap, Bálint és Tamás is elkezdte hirdetni Kamoncban az evangéliumot.
Előbb a város és környéke állt a huszita mozgalom mellé, majd a Duna–Tisza közén is megindult az evangélium hirdetése. Ezt követően a Duna–Dráva szögében, majd a Tiszántúlon, Biharban és Erdélyben. Viszonylag rövid idő alatt, az 1430-as évek közepére több tízezerre nőtt a husziták száma az országban. A nagy kiterjedésű Kalocsa-Bácsi egyházmegyével kapcsolatosan a pápának szóló korabeli tudósítás „az eretnekek végtelen sokaságáról” számolt be. Lépes György erdélyi püspök arról panaszkodott, hogy nyáját „megmételyezték a Moldvából bejött rühös juhok”, utalva arra, hogy a Cseh- és Lengyelországból Moldvába menekült husziták segítségével Erdélyben is széles körben elterjedtek a huszita eszmék. A katolikus klérus tehetetlennek bizonyult a mozgalommal szemben.
Zsigmond király kezdeményezésére a bázeli zsinat inkvizítort nevezett ki Magyarországra Marchiai Jakab személyében. Ez az észak-itáliai születésű szerzetes a ferences rend szigorú ágához, az úgynevezett obszerváns irányzathoz tartozott, amely különös hangsúlyt tett a hittérítésre. Főként az eretneknek bélyegzett mozgalmak tagjait, a zsidókat és a görögkeletieket igyekeztek áttéríteni katolikus hitre. Jakabot a pápa már 1426-ban itáliai eretnekek, valamint a csehországi husziták térítésével bízta meg. Működését kiterjesztette a Német-római Császárságra és Lengyelországra is.
1432-ben az obszervánsok boszniai rendtartományában folytatta tevékenységét az ottani eretnekek és görögkeletiek áttérését szorgalmazva. 1435-től ő lett a rendtartomány vezetője. Majd miután IV. Jenő pápától is megkapta a szükséges felhatalmazásokat, 1436 elejétől megkezdte inkvizítori működését Magyarországon. Az ország területének csaknem felét kitevő keleti és déli egyházmegyék főpapjai hívták segítségül a nagy méreteket öltött huszita mozgalom elfojtására. Négy évig tartó viharos működése során 1436 és 1439 között végigjárta a kalocsai érsekség, a boszniai, szerémi, csanádi, váradi és erdélyi püspökségek területeit. Különböző módszerekkel törekedett rábírni a huszitákat hitük megtagadására, fenyegetésekkel, börtönnel, birtokok elkobzásával. Akik kitartóan ragaszkodtak hitükhöz, azokat máglyára küldte. Sőt az elhunytakat is kiásatta sírjukból, és máglyára vetette maradványaikat, ha rájuk bizonyult, hogy Husz János követői voltak.
A Marchiai Jakab által készített összegzés szerint mintegy huszonötezer huszitát vezetett vissza a katolikus egyházba. Megjegyzendő, hogy ezek a kényszer hatása alatt született visszatérések korántsem jelentettek mindig tényleges eredményeket. Jól mutatja ezt, hogy amikor két esztendei szünet után 1439-ben újra visszatért a huszitizmus hazai fellegvárának számító déli területre, a Szerémségbe, addigra a két évvel korábban katolizáltak többsége ismét visszatért a huszitizmushoz. Arról is értesült, hogy a közvélemény teljes megvetéssel fordult azok ellen, akik az ő inkvizítori munkáját segítették. Sőt voltak, akiket bíróságok elé is hurcoltak. A királynétól szerzett parancslevelet, mely kimondta, hogy ezentúl senkit se lehessen bíróság elé állítani azok miatt a cselekedetei miatt, amelyekkel az inkvizíciós eljárásokat segítették.
Marchiai Jakab a magyarországi huszitizmus legfőbb központjában Kamoncban kialakult helyzetet tartotta a legaggasztóbbnak. Itt nemcsak a rekatolizáltak tértek vissza a huszitizmushoz, hanem még csatlakoztak is hozzájuk, többek között egy környékbeli
városka plébánosa, Újlaky Bálint is. Marchiai Jakab Kamoncban felállította inkvizíciós törvényszékét, hogy megfélemlítse a huszitizmus híveit. Azt a három városi polgárt, akik ragaszkodtak huszita hitükhöz, átadta a helyi bírónak, hogy sújtsa őket elrettentő büntetéssel. A huszita elveket valló plébánost pedig a bíró tömlöcébe vetették. A három polgárt már cölöpökhöz is kötözték, hogy máglyán hamvadjanak el, amikor zavargások törtek ki a városban. Ennek élére egy helyi szabómester állt, aki kivont karddal kergette el a bírót, és eloldozta a tűzhalálra ítélteket. Majd az őket támogató sokasággal együtt a bíró házához vonultak, és kiszabadították a bebörtönzött Újlaky Bálint plébánost.
A várható bosszú elől a város lakóinak jelentős része egy éjszaka a Dunán elmenekült a szomszédos román vajdaságba, Havasalföldre, majd onnan a husziták egyik fő menedékhelyére, Moldvába. Az itt uralkodó Sándor vajda ugyanis védelmet biztosított a hozzá menekült huszitáknak, és nem volt hajlandó kiadni őket a magyar uralkodónak. Marchiai Jakab 1439-ben befejezte magyarországi működését, és összeállította beszámolóját. Ebben 67 tételben sorolta fel az általa nagy buzgalommal üldözött huszita tanításokat. Ezek vizsgálata nyomán egyértelmű, hogy a Marchiai Jakab által képviselt és nem csekély erőszakkal terjesztett vallási felfogást bibliai alapon csak súlyos eretnekségnek lehet minősíteni. Mégis 1726-ban őt a katolikus egyház a szentek sorába emelte.