A hivatalos magyarázat szerint bár Holmes katolikusként nevelkedett, teljesen elkötelezetté vált a szcientológiai egyház tanításaihoz, és a férjétől való elhidegülését nem vallási nézetkülönbségek okozták. A színésznő ugyanakkor június 28-án New Yorkban adta be a válókeresetet, ahol a per idejére kizárólagos felügyeleti jogot biztosítottak számára, nem pedig közöset, ahogy az a kaliforniai bíróságok gyakorlatában megszokott. Cruise naponta egyszer telefonon beszélhet lányával, szerinte a felesége fegyverként használja Surit a váláshoz, és megnehezíti számára, hogy lássa a lányát. (Lapzártánkkor érkezett hír szerint a sztárpár ügyvédei megegyeztek a feltételekről, eszerint Cruise „érdemi és rendszeres" kapcsolatot tarthat lányával, akit azonban anyja nevel majd. - a szerk.)
A színésznőhöz közelállók szerint Katie belefáradt, hogy Tom „Pinokkiója" legyen és „úgy döntött, itt az ideje, hogy elvágja a szálakat". A TMZ hollywoodi magazin szerint a színész felesége minden munkahelyi és magánéleti lépését kontrollálta. Megtiltotta például, hogy a 2005-ös Köszönjük, hogy rágyújtott című filmjének plakátján Aaron Eckharttal csókolózzon, a Batman: Kezdődik! forgatására pedig nem utazhatott a többi szereplővel együtt, csak magánrepülőt használhatott.
Cruise, aki éppen filmet forgatott Izlandon, amikor a válási papírokat benyújtották, úgy tervezte, hogy 50. születésnapját feleségével és lányával tölti New Yorkban. Jelenlegi házassága egyébként a harmadik a színész életében, Mimi Rogerstől három, Nicole Kidmantől tizenegy évi együttélés után vált el.