Hitler 1944. március közepén Klessheimbe hívta Horthy Miklós kormányzót, akit megérkezése után kész tények elé állított, amennyiben közölte vele Magyarország megszállását. Ez azonban nem jelentette azt, hogy a Kormányzónak nem maradt semmilyen lehetősége arra, hogy az akaratát érvényesítse. Horthy ellenállása már mindjárt a megszállás elején megmutatkozott. Edmund Veesenmayer, a Magyarországra kinevezett teljhatalmú megbízott ugyanis először Imrédy Bélát, majd Rácz Jenőt akarta kineveztetni miniszterelnöknek, Horthy azonban mindkettőt visszautasította és saját jelöltjét, Sztójay Dömét fogadtatta el.
Horthy egyébként más kérdésekben is képes volt arra, hogy érvényesítse akaratát a megszállókkal szemben. Ez is ékes példája annak, hogy az ország a függetlenségét nem vesztette el teljesen. Veesenmayer például ragaszkodott ahhoz, hogy csak akkor adják ki a Gestapo által letartóztatott három magyar katonatisztet, Szombathelyi Ferenc vezérezredest, Kádár Gyula és Ujszászy István vezérkari ezredeseket, ha azok továbbra is letartóztatásban maradnak. Ehhez képest a magyar szervek mindhármukat szabadon bocsátották. Horthy 1944 júliusában megtagadhatta azt is, hogy húszezerezer légvédelmi kisegítőt és lóápolókat adjon át a harmadik Birodalomnak, holott ezt Veesenmayer követelte tőle. Az esetek többségében a német megszállók tudták érvényesíteni akaratukat, de nem mindig és nem maradéktalanul. Ráadásul mindent tárgyalásos alapon, huzavonák után tudtak csak elérni.
Hitler számára a zsidókérdés egyfajta vesszőparipának számított, de érdekes módon elég sokáig nem gyakorolt nyomást a magyar politikára annak érdekében, hogy ezen a területen történjen valami.