A három írástudatlan pásztorgyermek közül ketten, Francisco és Jacinta Marto még tízéves koruk előtt spanyolnáthában és tüdőgyulladásban elhunytak, így a jelenés során rájuk bízott titkokat egyedül Lucia nővér elbeszélése alapján ismerte meg a világ. Bár az első két "titkot" már 1960-ban nyilvánosságra hozták, a harmadik jóslat csak 2000-ben került napvilágra, amely számos találgatásra adott okot (lásd Hetek, 2000. május 20., A leleplezett Fatima). A vatikáni értelmezés szerint az üzenetek e része a II. János Pál elleni merényletet jósolta meg, amely magyarázatot Lucia nővér helyesnek ismert el.
II. János Pált különleges, személyes kapcsolat fűzi a kis portugáliai faluhoz: a Fatimai Miasszonyunknak tulajdonítja, hogy túlélte az 1981-ben a római Szent Péter téren ellene elkövetett merényletet. A pápa az apáca temetése alkalmából a coimbrai püspökhöz írt üzenetében azt írta, hogy Lucia nővérrel "az idő múlásával egyre erősebbé váló lelki barátság" alakult ki. Az apáca más rangos vendégeket is fogadott: egyik utolsó látogatója Mel Gibson színész-filmrendező volt, aki A Passió cím? filmjéről DVD-t ajándékozott a látnoknak.
Annak érdekében, hogy elejét vegyék a híreszteléseknek, Tarcisio Bertone, Genova érseke – aki a Hittani Kongregáció titkáraként 2000-ben az Osservatore Romano hasábjain kiadta Fatima üzenetét – sietett leszögezni: a harmadik fatimai titokról minden nyilvánosságra került, és annak üzenete egyetlen szóval sem volt több vagy kevesebb, mint amit a Vatikán hivatalosan megjelentetett. Lucia nővér szerzetesi celláját halála után lezárták: a pecsétet majd Joseph Ratzinger bíboros, a Hittani Kongregáció prefektusa által kinevezett küldöttség törheti fel, hogy összegyűjtse és feldolgozza a nővér hagyatékában található iratokat.