Az új elnök első munkanapján feloldotta a Bush-kormányzat által elrendelt tilalmat, miszerint nem kaphatnak állami támogatást azok a nemzetközi családtervezési szervezetek, amelyek abortusztanácsadást nyújthatnak. A rendelkezést még Ronald Reagan hozta, közel harminc évvel ezelőtt, és azt – Bill Clinton kivételével – azóta minden elnök megerősítette. Ezek a programok többek között abortusszal kapcsolatos tanácsadást végeznek a fejlődő országokban. Obama szintén visszavonta Bush elnöknek az őssejtkutatással kapcsolatos korlátozó rendeletét.
Bár Obama a kampánya során már kijelentette, hogy támogatja az abortuszt, még támogatóit is meglepte, hogy más sürgető gondokat – például a gazdasági válságot – megelőzően ideológiai döntésekkel kezdte munkáját.
A katolikus egyház a lépések nyomán a diplomáciai türelmi időszakot félretéve azonnal tiltakozott. Rino Fisichella érsek (képünkön túloldalt), az Életvédő Pápai Akadémia elnöke a Corriere della Sera című olasz lapban azt nyilatkozta, hogy Obamának minden hangot meg kéne hallania, nem csak azokét, akik hatalomra jutva arrogánsan úgy gondolják, hogy élet és halál dolgában is dönthetnek. A vatikáni tiltakozás a BBC kommentárja szerint erősítheti az amerikai evangéliumi jobboldal félelmeit, hogy ez a lépés csak az első az abortuszszabályok fellazítására irányuló további intézkedések sorában. Az abortuszpárti, de az AIDS ellen is küzdő szervezetek támogatását üdvözlő megszólalók szerint a korábbi tilalom világszerte leginkább a szegény és kiszolgáltatott embereket sújtotta.
A Vatikán és Barack Obama kapcsolata már a kampányidőszakban nehezen alakult. Az első sikertelen próbálkozás még nem sokkal a novemberi választás után történt. A pápa személyesen kereste Obamát, hogy gratuláljon neki a megválasztásához. A munkatárs azonban, aki a hívást fogadta, nem hitte el, hogy XVI. Benedek van a vonalban, és letette a telefont. Az incidensről a Bush-adminisztráció egyik, a Vatikánhoz közeli tagja beszélt a Newsmax nevű konzervatív hírportálnak. Később a katolikus egyházfőnek sikerült beszélnie Barack Obamával. Amikor a pápa az abortuszkérdésről kezdett beszélni, Obama csak annyit mondott, hogy „abban egyetértünk, hogy nem értünk egyet”.