A Vatikán és Izrael közötti viszony sosem volt felhőtlen, az elmúlt 45 évben azonban a feszültségeket többnyire az okozta, hogy a katolikus egyház nem képviselt határozott álláspontot a holokausztról. A helyzetet januárban tovább rontotta, hogy XVI. Benedek rehabilitált egy holokauszttagadásról elhíresült püspököt, Richard Williamsont. Jeruzsálemben többen előre tiltakoztak a katolikus vezető látogatása ellen. Egy parlamenti képviselő például arra szólította fel kollégáit a knesszetben, hogy bojkottálják a pápa látogatásával kapcsolatos hivatalos rendezvényeket. Arieh Eldad XII. Piusz pápára hivatkozott, akit azzal vádolnak, hogy a második világháború alatt hallgatott a zsidóüldözések idején, mégis szentté akarják őt avatni a katolikus egyházban. Még keményebben fogalmazott az ultranacionalisták egyik képviselője. „Az állam, amelyik vendégül látja a pápát, hátat fordít a több millió zsidónak, akiket a keresztény könyörületesség árnyékában gyilkoltak meg" - mondta Michael Ben-Ari. Elhangzott olyan vélemény is, hogy a Vatikánnak tisztáznia kellene az olyan zsidó kincsek sorsát, mint a hajdani jeruzsálemi Templom aranymenórája. Ezt állítólag más értékes tárgyakkal együtt a Vatikánban őrzik.
A palesztinok egy része pedig egy 2006-os kijelentése miatt nem látja szívesen XVI. Benedek pápát. A pápa a Regensburgi Egyetemen tartott egyik beszédében az iszlám és a kereszténység közötti történelmi és filozófiai különbségeket, valamint az erőszak és a hit közötti kapcsolatot fejtegette. A katolikus egyházfő - hangsúlyozva, hogy II. Palaiologosz Manuel bizánci császár szavait idézi - a következőket mondta: „mutassanak csak egyetlen újdonságot, amit Mohamed hozott, és akkor kizárólag olyan dolgokat találnak majd, ami gonosz és embertelen, mint például az a parancsa, hogy karddal terjesszék azt a hitet, amit ő hirdet". Ezt követően több iszlám ország vezetője bocsánatkérést követelt. A pápa mostani útja során is méltatta az iszlámot, és első katolikus egyházfőként ellátogatott a jeruzsálemi Templom-hegyen álló Sziklamecsetbe, de nem tért ki a sértőnek tartott korábbi beszédére.
A muzulmán vezetők a pápa jelenlétében több politikai kijelentést is tettek. Jordániában Mohammed bin Talal, II. Abdalláh jordániai uralkodó vallási főtanácsadója és unokatestvére arra kérte a pápát, hogy emeljen szót a Fülöp-szigeteki és egyes afrikai muzulmán kisebbségekért is, akiket a keresztény többség „sanyargat". A Sziklamecsetnél a jeruzsálemi főmufti a palesztinok elleni izraeli „agresszió" leállításában kért aktív segítséget a pápától. A Templom-hegyről a pápa lement a Nyugati falhoz. Itt egy papírra írt üzenetet hagyott, amely Jeruzsálemet a béke városaként említette, amely „szellemi otthona a zsidóknak, keresztényeknek és muzulmánoknak".