A kereskedelemből, a gabonaeladásokból és nem utolsósorban a rendkívül magas (50 százalék körüli) adókból származó bevételekből bőven telt a város csinosítására, sőt a kultúra fejlesztésére is. A királyi negyedben nyílt meg a botanikus és állatkerttel, továbbá csillagvizsgálóval is felszerelt könyvtár, a Muszeion, amelyben a római kor elejéig körülbelül 600 ezer könyvtekercset gyűjtöttek össze. A város vezető rétege előbb a görög–makedón, majd az őket felváltó római arisztokráciából került ki, de igen jelentős (akár kétszázezer főt is meghaladó) zsidó diaszpóra is élt a városban.
Az sem véletlen, hogy a Tóra első görög nyelvű fordítása is Alexandriában született meg; mint ahogy az sem meglepő, hogy a pogány antiszemitizmus is ebben a városban vált egységes ideológiává. Az itt élő görög értelmiségiek találták ki szinte az összes – máig élő – zsidóellenes előítéletet: az elkülönüléstől az idegengyűlöleten át egészen a vérvádakig. Ennek ellenhatásaként a zsidók is aktív felvilágosító munkába kezdtek: megszületett a zsidó történetírás (Artapanosz), görög drámát írtak
a kivonulás történetéből (Ezékielosz), és a mózesi tanítást filozófiai nyelven is tolmácsolták a pogányoknak (Philón).
Az alexandriai görögök azonban nemcsak a zsidókat, hanem új uraikat, a rómaiakat is mélyen megvetették. Egyesek odáig merészkedtek, hogy a császárokat is nyíltan kigúnyolták. Mikor azután Caracalla császár 215-ben a városba látogatott, a csúfolódó plakátok és bökversek láttán rettenetes haragra gerjedt, és Alexandria teljes fegyverforgatásra alkalmas férfilakosságát lemészároltatta. A várost 365. július 21-én egy hatalmas szökőár tette a földdel egyenlővé.
Bár kétségkívül Alexandriában élt a Nyugat legjelentősebb zsidó diaszpórája, az Újszövetség lapjain viszonylag kevés említés történik róla. Megtudjuk, hogy az itt lakók külön zsinagógát tartottak fenn Jeruzsálemben (Apostolok cselekedetei 6:9), és innen származott a zsidó Apollósz, akivel Pál apostol Epheszoszban találkozott. Róla azt írta Lukács, hogy „ékesszóló és az Írásokban tudós” férfi volt, aki „meg volt tanítva az Úr útjára, és szellemben buzgó lévén, igen szorgalmasan szólta és tanította az Úrra tartozó dolgokat, jóllehet csak János keresztségét ismerte” (Apostolok cselekedetei 18:24–25). Az önmagát „pogányok apostolának” nevező Pál egyetlen írásában sem említi, hogy járt volna Alexandriában, csak egy Castor és Pollux nevű alexandriai gabonaszállító hajóval találkozunk, amely Pál apostolt vette fedélzetére (Apostolok cselekedetei 27:6; 28:11).
Az alexandriai gyülekezet – mint minden későbbi keresztény központ – az itteni egyház alapítását is egy újszövetségi szereplőhöz kötötte. Az itteni keresztények azt állították, hogy Márk, aki Péter apostol tolmácsa és segítője volt, s aki Péter bizonyságtétele alapján írta evangéliumát, az apostol halála után Alexandriába költözött, ahol gyülekezetet alapított.
A 2. század folyamán Alexandriában jött létre a keresztény ókor egyik legnagyobb hatású intézménye: az alexandriai hittudományi akadémia (didaszkaleion), amely megteremtette a tudományos–filozófiai alapokra helyezett keresztény teológiát. Az iskolát Pantainosz alapította, aki 180 körül érkezett ide. őt Titus Flavius Clemens (ismertebb nevén Alexandriai Kelemen) egyházatya követte az iskola élén, aki főként a gnosztikus eretnekekkel vitázva fejtette ki teológiáját. Magától Kelementől tudjuk, hogy az akadémia a pogány világiak előtt is nyitott volt. A püspöki irányítás alatt álló és a keresztény közösség részeként működő katekéta iskola alapítója, Démétriosz püspök volt, aki 217 körül rábízta az iskola vezetését Órigenészre (185–254). Az iskola elsődleges célja a hívek felkészítése, az alapvető hittételek megtanítása volt.
Órigenész korának legnagyobb keresztény teológusa volt, nézetei széles körben elterjedtek, és már életében is viták forrásai voltak. Az iskolára jellemző módszer a Biblia allegorikus értelmezése volt, szemben a szó szerinti értelmezéssel, amit ebben a korban már „judaizáló eretnekségnek” tartottak. Ez az alapvetően sztoikus és újplatonikus filozófiai tanokra visszavezethető allegorézis mindmáig számos teológiai tévedés forrását képezi a tradicionális egyházak körében. A katekéta iskola a 4. században szűnt meg.
Valószínűleg az Alexandriában működő keresztény teológiai iskoláknak köszönhetjük, hogy az Újszövetség legkorábbi és legjobb kéziratai is innen származnak (Codex Sinaiticus, 4. század; Codex Alexandrinus, 5. század). A 3. század folyamán zajló üldözések, majd a 4. század eleji – Diocletianus nevéhez fűződő – „nagy üldözés” Alexandria népes keresztény közösségét is sújtotta, sőt már ezt megelőzően, a Severusok idején is többen szenvedtek mártíromságot, köztük Órigenész számos tanítványa is.
A kereszténység államvallássá tétele után a püspökök revansot is vettek: Theophilosz pátriárka 391-ben az összes pogány templomot leromboltatta a városban, a Szerapisz és a császárok tiszteletére emelt két pogány szentélyt kivéve, amelyek „keresztényiesített formában” működhettek tovább.