A szekuláris hatalom azonban nem tolerálta szélsőséges nézeteit, így al-Karadavinak végül 1961-ben menekülnie kellett; Katarban talált menedéket. 2006-ban a Muzulmán Testvériség felajánlotta neki a szervezet elnöki pozícióját, de ő ezt visszautasítva azt válaszolta, hogy inkább az egész nép szellemi vezetője kíván maradni. Katari száműzetése során globális lehetősége nyílt iszlamista tanainak a terjesztésére a 40 milliós nézettségű al-Dzsazíra arab hírtelevízió révén. A Saria és Élet című televíziós előadása olyan komoly hírnevet hozott neki az arab világban, hogy a Foreign Policy magazin 2008-ban a világ harmadik legbefolyásosabb szellemi vezetőjének választotta meg.
Az iszlamista pap ideológiája azonban rendkívül ellentmondásos: 2001-ben ő volt az első olyan muszlim vezető, aki elítélte a szeptember 11-ei merényletet, majd ennek az antitéziseként helyeselte a terroristák akcióit az amerikai katonákkal szemben Irakban, valamint az izraeliek elleni palesztin öngyilkos merényleteket. 2005-ben a BBC-nek a következőt nyilatkozta: „Allah igazságos, és csak az ő tökéletes bölcsessége adhatta a gyengéknek azt a fegyvert, amellyel az erősek nem rendelkeznek: a képességet, hogy saját testüket bombákká alakítsák, ahogy a palesztinok is teszik." A muzulmán pap szerint a „mártíromságnak" ez a fajtája bizonyíték Allah igazságosságára.
2004-ben muzulmán értelmiségiek mintegy 2500 csoportja petícióban kezdeményezte az ENSZ-nél, hogy tiltsa be a vallásos uszítást. A javaslat azt is tartalmazta, hogy a Biztonsági Tanács állítson fel egy bíróságot, amely felelősségre vonja a „terror teológusait". Az aláírók szerint a „halál sejkjei" azok, akik a vallást az erőszak eszközévé teszik. Gyilkos eszméi miatt al-Karadavi is felkerült a listára: az aláírók szerint vallási alapon támogatja a terrorizmust. A kezdeményezést megelőző évben al-Karadavi fatwát adott ki: minden izraeli terhes nőt meg lehet gyilkolni, hogy gyermekeik később ne lehessenek az izraeli hadsereg tagjai. 2003 őszén pedig egyiptomi újságíróknak al-Karadavi azt mondta, hogy „az összes amerikait, legyenek civilek vagy katonák, meg lehet ölni".