Az alma nem esett nagyon messze a fájától, ugyanis az al-Kaida és a Testvériség között nincsen antagonisztikus ellentét, a két szervezet között csupán a dzsihád fontossága és időzítése felett van súrlódás: a Testvériség, és főként a szervezet ma is aktív ideológusa, a „halál sejkjének” is becézett Juszuf al-Karadavi a muzulmán törvények alapján igyekszik meghatározni a dzsihádot.
A két szervezet között az átfedések is nagyok: az afgán „ellenállást” támogató, indiai kontinensen működő, al-Kaidához közeli Dzsamat-e-Iszlami nevű terrorszervezetre gyakran a Testvériség alegységeként utalnak. Ráadásul ugyanez a kör, a Testvériség az al-Kaidával, a Hamasszal, valamint egyéb radikális szalafistákkal karöltve emelte iszlamista szimbólummá a Gázai övezetet egy közös konferencián 2009-ben, amely így legitimizálja az Izrael-ellenes háborút a radikálisok számára.
A Testvériség másik hírhedt alegysége a Hamasz terrorszervezet, amellyel a mai napig szoros partneri kapcsolatot ápolnak. Például a Gáza-flottillában résztvevő csoportok közül sokan közvetlenül kapcsolatban állnak a Javak Szakszervezete (Union of Good, UoG) nevű ernyőszervezettel, amely a Testvériség európai ügynökségeit tömöríti. Ezt a szervezetet az Egyesült Államok 2008-ban a terrorszervezetek közé sorolta, mivel a csoport jótékonysági célra begyűjtött pénzeket utalt a Hamasz terrorszervezet számláira. A UoG példája is mutatja, hogy a Testvériség a világ szinte minden országára kiterjedt szervezet, egyfajta iszlamista árnyékkormányként lehetne őket aposztrofálni. Vezetői ugyanis már régen kidolgozták annak a tervét, hogy miként vegyék át a hatalmat, és hogyan teljesítsék „Allah parancsát” a világméretű Kalifátus létrehozására. A Testvériség korábbi vezetője, Mahdi Akif egy 2010-ben forgatott norvég dokumentumfilmben is beszámolt erről. Mint mondta, szervezetének a célja egy totális iszlám állam létrehozása. A riporter azon kérdésére, hogy hol képzeli el ezt az államot, azt mondta, hogy a pontos helyet még nem tudja, azonban a muszlimok és különböző szervezeteik már ott vannak mindenhol a világban.
Hozzátette: szervezetének tervei között szerepel Európa iszlamizációja is. Kamal El-Helbavi, a Testvériség nyugati képviselője és korábbi szóvivője, aki Londonban népszerűsíti az iszlamista nézeteket, Iránban tett látogatásakor pedig azt állította: szeretné, ha Egyiptom Iránhoz hasonlóan „igaz iszlám állammá” válna. „Egyiptomnak és az iszlám világnak egészében véve olyan vezetőkre van szüksége, mint Mahmúd Ahmadinezsád elnök” – mondta az amerikai The New York Post szerint el-Helbavi, aki szerint országának „csatlakoznia kell az új világrendhez, ahol Iránnal, Venezuelával, a Hezbollahhal, valamint a Hamasszal együtt űznék el az amerikaiakat”. „Minden este lefekvéskor azért imádkozom, hogy egyszer arra ébredjek: Izraelt letörölték a térképről” – idézte a lap a muszlim vezetőt.