A CIA vallatási programját még George W. Bush elnöksége alatt, a szeptember 11-ei terrortámadások után engedélyezték. Obama elnök 2009-es hatalomra kerülésével azonnal betiltotta a kínzásokat. A programról hároméven át készülő jelentés, összesen hatezer oldalas, aminek a nagy része titkosított, és mindössze töredéke érhető el a közvélemény számára. A dokumentum több mint hatmillió oldalnyi e-mailt, chat-üzenetet, interjút és más kommunikációs terméket vizsgált, melyek alapján arra a következtetésre jutottak, hogy a CIA nem tudott elegendő hiteles információra szert tenni a vallatások révén, amelyek sokkal brutálisabbak voltak, mint amiről a politikusoknak beszámoltak.
A Szenátus hírszerzési bizottságának vizsgálata nyomán az is kiderült, hogy a titkosszolgálat nem vezetett pontos nyilvántartást a fogvatartottakról, így nem is tudták nyomon követni mindegyikük sorsát. A kínzásokat titkos börtönökben végezték, ezek közül a leghírhedtebb a Kabul melletti régi téglagyár, amelyet az amerikai kormány tagjai csak „sóveremként” emlegettek, a jelentésben pedig „kobalt” fedőnéven szerepel. A börtönben még a kihallgatók is fejlámpával közlekedtek a koromsötét folyosókon, és az egyik rab megfagyott, miután több napig meztelenül volt a földhöz láncolva a fagypont alatti hőmérsékletben.
Azonban a CIA ennél „kifinomultabb” technikákat is alkalmazott az információszerzés érdekében: a legvitatottabb minden bizonnyal az úgynevezett „waterboarding”, vagy fullasztásos vallatás. A waterboarding során a foglyot lekötözték, az arcára valamilyen szövetet helyeztek, és hatalmas mennyiségű vizet öntöttek a szájába és orrába, ami miatt a fogvatartott szinte megfulladt. Így kínozták többek között Abu Zubaydah-t is, akin 83-szor végezték el a műveletet, és többször elvesztette az eszméletét. Khalid Sheikh Mohammedet pedig, aki saját elmondása szerint a szeptember 11-ei merényletek fő kitervelője volt, 183-szor vetették alá a waterboardingnak, és a jelentés szerint többször „majdnem megfulladt”.
A CIA-nak emellett más módszerei is voltak: Zubaydah-t például a fogvatartása alatt combon, hason és mellkason lőtték, másokat pedig több mint 180 órán át tartottak ébren, kezüket a fejük fölé láncolva. Olyan is volt, akit meztelenül, csuklyával a fején vonszoltak végig a folyosókon, vagy „a falhoz láncolták, és 17 napon át állnia kellett”. Emellett azzal fenyegették a foglyokat, hogy megölik a családtagjaikat, és álkivégzéseket is tartottak.
A program vallatási technikáit egyébként két pszichológus dolgozta ki, akik az amerikai légierőnél szereztek tapasztalatot. Itt arra tanították a katonákat, hogy amennyiben fogságba esnek, hogyan álljanak ellen a vallatásnak. A szakemberek, akik később saját céget alapítottak, a CIA megbízására hajtották végre a kihallgatásokat, melyekért 80 millió dollárt kaptak.
A jelentés arra is fényt derített, hogy a CIA minderre nem kapott egyértelmű felhatalmazást, sőt igyekeztek titkolni a tevékenységüket, így sem a Fehér Háznak, sem a Kongresszusnak nem számoltak be róla, sőt később a médiában is hamis információkat tettek közzé a program hatékonyságával kapcsolatban. Az is vita tárgya, vajon maga Bush elnök tudott-e arról, ami a világ több pontján található CIA-börtönökben, így például Thaiföldön, Lengyelországban, Romániában és Afganisztánban zajlott. A titkosszolgálat vezetője 2004-ben ugyan már tájékoztatni akarta az elnököt a programról, a bizonyítékok szerint erre azonban csak 2006-ban került sor. Kapott viszont információt a programról Dick Cheney korábbi alelnök, illetve Condoleezza Rice nemzetbiztonsági tanácsadó. Az viszont tény, hogy Bush elnök 2002-ben – a szeptember 11-ei merényletet követő évben – aláírt egy dokumentumot, melyben az állt, hogy a Genfi Egyezmény – amely szerint a foglyokkal emberségesen kell bánni – nem vonatkozik az al-Kaida és a Taliban tagjaira.
A jelentést nyilvánosságra hozó Dianne Feinstein demokrata szenátor elmondta: csaknem százhúsz fogoly esetét vizsgálták, akik közül 26-ot ártatlanul börtönöztek be, és erősen megkérdőjelezhető, vajon sikerült-e a CIA-nak hasznos információkhoz jutnia a vallatásokkal, hiszen például Khalid Sheikh Mohammed többször is félrevezette a titkosszolgálat nyomozását hamis állításaival. A titkosszolgálat húsz esetet tárt fel, melyek során sikeresen alkalmazták a kihallgatási technikákat, de a vizsgálat szerint nem bizonyítható, hogy hasznosíthatóak voltak-e a kikényszerített információk. Feinstein egyébként úgy nyilatkozott a titkosszolgálat programjáról, hogy az „történelmünk egyik legmélyebb pontja” volt, Obama elnök szerint pedig „aláásta az Egyesült Államok és szövetségesei közötti bizalmat”, illetve súlyos károkat okozott az Egyesült Államok világban betöltött szerepében.
A CIA igazgatója a közelmúltban elismerte, hogy „hibákat” követtek el, de a jelentés lényegi kijelentését, miszerint a program ne lett volna hatékony, vitatta. John Brennan szerint ugyanis a vallatások miatt sikerült „további támadásokat meghiúsítani, terroristákat elfogni és életeket menteni”, ráadásul a fogvatartottak vallomásai nagyban hozzájárultak „az ellenség stratégiai és taktikai megértéséhez”, amit a mai napig is hasznosítanak a terrorizmus elleni harc során.
A vizsgálatot egyébként a demokraták fejezték be, miután 2009-ben a republikánusok nem voltak hajlandóak tovább részt venni benne, és akkor sem visszakoztak, amikor Obama elnök ígéretet tett arra, hogy nem fognak vádat emelni egy CIA-alkalmazott ellen sem. A jelentés tehát már 2012 decemberében elkészült, eddig azonban nem hozták nyilvánosságra a következményektől való félelem miatt. A Pentagon a napokban máris arra figyelmeztette az Egyesült Államok nagykövetségeit és katonai vezetőit, hogy tüntetésekre, sőt akár terrortámadásokra is sor kerülhet a dokumentum közzétételének következtében.