A korabeli kultúrharc célpontjai a protestáns kollégiumok és főiskolák voltak. A reformáció Európa-szerte óriási csapást mért a katolikus egyházra. A hitújítók világosan és egyértelműen feltárták az emberek előtt, hogy a katolicizmus alapvető tanításai mélységesen szemben állnak a keresztény hit zsinórmértékéül szolgáló Szentírással. Hirdették, hogy a katolikus egyház lényegénél fogva alkalmatlan arra, hogy az embereket Istennel való élő kapcsolatra vezesse. A reformátorok nagy erejű igehirdetései nyomán hatalmas tömegek csatlakoztak a hitújítás mozgalmához. Ugyanakkor az erkölcsi, pénzügyi és politikai visszaélések sokasága miatt hitelét vesztett katolikus egyház tanításai iránt látványosan csökkent az érdeklődés.
Mindez gyökeresen átalakította az addigi oktatási rendszert is. A reformáció koráig, a 16. század elejéig a katolikus egyház monopolizálta az oktatás egészét. Ő tartotta kezében az alsó-, közép- és felsőfokú iskolák összességét. A hitújítás kibontakozásával azonban ez a kizárólagosság visszavonhatatlanul megszűnt.
Hasonló folyamatok zajlottak le a korabeli Magyarországon is. Az 1500-as évek végére a lakosság elsöprő többsége a reformáció oldalára állt. A buzgó katolikus Telegdi Miklós, az esztergomi egyházmegye kormányzója olyan lesújtónak találta a helyzetet, hogy már 1582-ben azt írta a pápának: „a katolikus hitnek még a neve sem fog fennmaradni" Magyarországon. Egy 1606-ból származó, Rómába küldött püspöki jelentés szerint „alig van egy-két egyházmegye, ahol a katolikus vallású lakosság számottevő töredékét (!) alkotja a népességnek". Pázmány Péter esztergomi érsek a magyar püspöki kar nevében 1622-ben azt írta a pápának, hogy a királyi Magyarországon „a nép alig egytized része katolikus, a többiek lutheránusok és kálvinisták". Azaz legfeljebb 8-9 százalékra tehető a katolicizmus országos aránya, és 90 százalékot meghaladó a protestánsok létszáma.