A Vatikán erőteljes brüsszeli lobbitevékenységét mutatja, hogy a katolikus egyház két olyan érdekképviseleti szervvel is rendelkezik, amelyek – elnevezésükben is szinte lemásolva az európai intézményeket – partnerei kívánnak lenni a brüsszeli szerveknek. Az Európai Közösség Püspöki Konferenciái (ComECE), illetve az Európai Püspöki Konferenciák Tanácsa (CCEE) hivatott arra, hogy a katolikus egyház érdekeit az EU legmagasabb fórumain képviselje. A ComECE elnöke például felszólította az Európai Közösség szakértőit, tegyék lehetővé, hogy az egyház a nemzeti kormányokkal és az Európai Unióval erőteljesebb dialógusra léphessen. A fenti két, főpapokból álló intézmény mellett a római egyház legalább ötven-hatvan olyan, nemzetközi papi, rendi és laikus szervezettel is rendelkezik, amelyek európai szinten akarják megoldani a katolikusok érdekképviseletét. Ezek a szervezetek hivatottak arra, hogy az EU döntéshozatali mechanizmusait a napi politikában is kövessék, s ajánlásokat fogalmazzanak meg az EU részére.
A lobbizás azonban nem mindig jár sikerrel. Az Európai Parlament 2001 áprilisában fogadta el azt a határozatot, amelyben felelősségre vonták a Vatikánt azon katolikus papok elmarasztalásának hiánya miatt, akik 23 országban szexuális visszaéléseket követtek el apácák ellen. Az indítvány felszólította a Szentszéket, hogy "alaposan vizsgáljon ki minden olyan esetet, amelyben a szexuális erőszaknak a legcsekélyebb esélye is felmerül
/és/ helyezze vissza azokat a női tisztségviselőket eredeti pozícióikba az egyházi hierarchián belül, akiket azért fokoztak le, mert felhívták feletteseik figyelmét a szóban forgó esetekre". A dokumentum követeli továbbá a felelősök törvény elé állítását és tisztségeiktől való megfosztását, valamint utasítja a Szentszéket, hogy működjön közre a jogi felelősségre vonás folyamatában. (Európai Parlament, Daily Notebook, 2001. április 5.) A konfliktus következtében elhalasztották II. János Pál pápa Európai Parlamentbe történő látogatását.
Az Európai Parlament és az ENSZ közös szervezésében 2001. november 28-án szemináriumot tartottak az egyházak – különösen a pápai állam – politikai törekvéseinek megvitatását illetően. A fórumon európai parlamenti képviselők, katolikus civil szervezetek és szakértők vettek részt. A szeminárium egyik fő szervezője egy, az ENSZ számára tanácsadói joggal rendelkező, washingtoni székhely? szervezet, a Catholics for Free Choice (CFFC) volt, amely folyamatosan bírálja a Szentszék Európai Unióval kapcsolatos törekvéseit.
Egy évvel később, február 20-án az Európai Parlament elítélte a Vatikánt a házassági és válási jogba történő beavatkozása miatt. Folytatásként március 15-én az Európai Parlament határozatot hozott az egyházak és a vallási közösségek állami és közéletbe történő beavatkozásáról – különös tekintettel a Szentszék ilyen irányú tevékenységére vonatkozóan. Bizonyos képviselők egy további határozat kapcsán azt is felvetették, hogy az Európai Uniónak teljesen meg kellene szüntetnie a diplomáciai kapcsolatot a Vatikánnal.
A CFFC 2003-ban adott ki egy jelentést "Az erő és a privilégiumok megtartása – avagy a Vatikán programterve az Európai Unióban" címmel, amelyben azt állítják, hogy a Vatikán és konzervatív katolikus körök célja egy jól összehangolt és alapos kampány az Európai Unióban. Frances Kissling, a CFFC elnöke így nyilatkozott a Szentszék szellemi-politikai törekvéseiről: "Ha a Vatikán eléri a célját, és különleges státusra tesz szert az EU-ban, hogy befolyásolja annak politikai arculatát és alapjait, emberek milliói néznek majd farkasszemet a diszkriminációval, és látják majd az alapvető emberi jogok sárba tiprását."
Forrás: Az amerikai külügyminisztérium vallásügyi jelentése
2004. 04. 09. (VIII/15)
