Kádárék írásba is adták, hogy nem kívánnak megtorlást alkalmazni Nagy Imrével és társaival szemben. Ezzel bírták rá őket, hogy feladják a jugoszláv nagykövetség épületének menedékét, ahová még a november 4-ei szovjet intervenció idején menekültek. Ígéreteik ellenére Kádárék az újkori magyar történelem legkegyetlenebb megtorlását valósították meg. Ennek során 229 embert – egyes becslések szerint jóval többet – végeztek ki, javarészt munkásokat, parasztokat és fiatalokat. Többet, mint a háborús és népellenes bűnök miatt 1945 után. Többet, mint az 1848 – 49-es szabadságharc után. Köztük olyanokat is, akiknek hozzátartozói már korábban a nácik áldozatai lettek. Olyant is, aki a kivégzése előtt néhány nappal töltötte be a 18. életévét. Apát és fiát is. Még a forradalom után öt évvel, 1961 nyarán is hajtottak végre halálos ítéletet!
A megtorlás kiemelkedő része volt a Nagy Imre és társai ellen teljes titoktartás mellett lefolytatott büntetőper. A megfellebbezhetetlen halálos ítéletet Nagy Imrére és vádlott-társaira: Maléter Pál honvédelmi miniszterre és Gimes Miklós újságíróra 1958 június 15-én szabták ki, és már másnap hajnalban végrehajtották. A közvélemény minderről csak utólag, egy közleményből értesült.
Több forrás szerint már a jugoszláv nagykövetség által Nagy Imrének és elvbarátainak felajánlott menedék is csapda volt. Amikor azonban a szabad hazatérés ígéretében bízva onnét távozni készülő Nagyékat 1956. november 22-én Kádárék asszisztálásával a szovjet biztonsági szervek elrabolták és a romániai Snagovba deportálták, az már előrevetítette a szomorú végkifejletet. A jugoszláv és román „elvtársak” vállvetve igyekeztek rávenni Nagy Imrét, hogy a szovjet intervenció napjára visszadatálva mondjon le miniszterelnökségéről, és ismerje el a Kádár-kormányt. „Imre bácsi” azonban hajthatatlan volt. A romániai deportálás alatt írt jegyzetei arról tanúskodnak, hogy a forradalom alatt hozott döntéseit nem valamiféle meggondolatlan rögtönzés szülte, ami miatt utólag önkritikát kívánna gyakorolni. Leszögezi, hogy a szovjet politikát „orosz nagyhatalmi sovinizmus” vezérli. Hazánk ellen „súlyos fegyveres agresszió” történt. A Varsói Szerződés „nem más, mint a szovjet katonai diktatúra ráerőszakolása a részt vevő országokra”. A Kádár-kormányt törvénytelennek tartotta, amely a szovjetek „álnok és bűnös” eljárásának köszönheti létét. „A mainál szolgalelkűbb vezetése még aligha volt az országnak. A magyar nemzeti érdekeket éppúgy nem képviselik, mint hazaáruló elődjeik, akiknek nyomdokain haladnak, és méltó utódainak bizonyultak. (
) A magyar nemzeti tragédia Rákosival indult el, és Kádárral teljesedett be. Olyan bűnt követett el, amelyet ő már nem tehet jóvá soha: hazaáruló.” Nem ellenforradalom az olyan népmozgalom, amelyben a munkásosztály mint „a hatalom állítólagos birtokosa a mozgalom élén áll, és a fegyveres harcok mellett sajátos osztályfegyverével, az általános sztrájk fegyverével harcolt”. A felkelés „ellenforradalommá” minősítése azt szolgálja, hogy utólag ezzel indokolják a szovjet megszállást és azt, hogy „a magyar nemzet méltóságát védő, szuverenitásáért és függetlenségéért harcoló, meg nem alkuvó kormány helyett a szolgalelkűek, a megalkuvók, a nemzeti függőséget vállaló gyászmagyarok álljanak a párt és ország vezetésénél”.
Súlyos sorait a deportálás, az állambiztonsági szervek felügyelete alatt vetette papírra. Leplezetlen gondolatairól így az „illetékesek” szinte nyomban értesültek. Jegyzeteit a büntetőper irataihoz is hozzácsatolták.
A „Nagy Imre–Losonczy-csoportot” 1957 februárjában az MSZMP Központi Bizottsága formálisan is „árulónak” bélyegezte, és kinyilvánította, hogy „sikeres előrehaladásunk előfeltétele
ha e csoport antimarxista nézeteit véglegesen felszámoljuk”. A végső megoldás 1957 áprilisában vette kezdetét, amikor a magyar állambiztonsági szolgálat Nagyot és társait megbilincselve és szemüket bekötve hazahurcolta Romániából, hogy megkezdjék a büntetőper előkészítését.
A per forgatókönyve szovjet–magyar koprodukció, de ma is vitatott, hogy ki döntött a büntetések mértékéről. Egyes adatok szerint Kádáré volt e dicstelen szerep, hiszen nyilvánvaló, hogy Nagy Imre életben hagyása politikai kockázatot jelentett volna Kádáréknak. Ezen adatok szerint a szovjetek beérték volna halálos ítélet nélkül vagy utólagos megkegyelmezéssel. Nagy Imre minden-esetre nem kért kegyelmet. A barbár mód, ahogy a kivégzettek holttestét először a börtön udvarán, majd később a temetőben jeltelen sírokba elkaparták (még kutyáknak is több végtisztességet adnak), és a többi kivégzett felkelőével együtt három évtizeden át szemétdombi körülmények között tartották, hozzátartozóikat elzárva a végtisztesség megadásának legelemibb jogától is, Kádár ügydöntő szerepét látszik alátámasztani.
Nagy Imre nem volt makulátlan, különösen a szovjet emigrációban játszott szerepe vet fel kérdéseket. Kommunista világnézete önazonosságának része volt. Gondolatait korlátok közé zárta, tetteit motiválta a marxista-leninista dogmatika. Tőle, aki a szovjet emigrációban testközelből tapasztalhatta a kommunista önkény tobzódását, akinek életét átszőtte a likvidálhatóság tudata, fájdalmasan naiv a semmitmondó kommunista „értékekhez” mindvégig való ragaszkodás. Nagysága abban van, hogy a masszív ideológiai béklyók ellenére élete utolsó szakaszában felül tudott emelkedni az ideológiai nehezékeken, az elnyomottakat, a nemzetet, a szabadságot tudta választani, és mellettük a zsarolásokkal, megaláztatásokkal, kegyetlenkedésekkel dacolva a bitófa árnyékában is ki tudott tartani. Ez az, ami őt nekünk, antikommunistáknak is „Imre bácsivá” avatja.
Nagy Imre és ártatlanul kivégzett társai újratemetésére 1989. június 16-án került sor. Néhány héttel később, 1989. július 6-án Nagy Imrét a Legfelsőbb Bíróság hivatalosan rehabilitálta. Ugyanezen a napon Kádár János eltávozott az élők sorából. (A szerző ügyvéd, volt parlamenti képviselő)