Az „autofágia” kifejezés egy görög szóösszetétel, amely azt a folyamatot jelöli, amelynek során a sejt „önmagát eszi”. Mindez persze nem arra utal, hogy sejtjeinkben gyökerezik az önpusztítás; a jelenség a többsejtű élőlények és szervezetek a környezet kihívásaira a túlélés érdekében adott válasza. Ohsumi, valamint az ő nyomdokaiba lépő kutatók kísérleteinek köszönhetően tudjuk, hogy az autofágia olyan fontos élettani folyamatokat szabályoz, melynek során bizonyos sejtalkotó komponensek lebomlanak, majd újra felhasználásra kerülnek. A kifejezés az 1974-ben harmadmagával szintén orvosi Nobel-díjjal jutalmazott belga Christian de Duve-től származik, aki a folyamat végállomásaként azonosított, és általa lizoszóma névre „keresztelt” sejtszervecskét felfedezte. A lizoszóma a sejten belüli sejthártyával határolt, emésztő enzimeket tartalmazó gömb alakú struktúra, ahol a molekulák alkotóelemeikre bomlanak.
A építőköveikre széteső molekulák fő képviselői a fehérjék, amelyek fokozott lebontása a sejt tápanyag megvonásra adott válasza, ahogyan ezt 28 évvel ezelőtt Ohsumi az élesztősejteken megfigyelte. Bár akkor még nem gondolta, hogy ennek valamikor gyakorlati haszna lesz, a felfedezés öröme és a tudományos kíváncsiság által inspirálva vizsgálta apró részletekbe menően az autofágiát. Olyan mutáns élesztősejtekben, melyeknél az autofágia nem működött megfelelően, megállapította, hogy milyen gének érintettek a lebontásban, valamint azt is, hogy a folyamatban résztvevő egyes fehérjéknek és enzimeknek mi a pontos szerepe.
Kiderült, hogy az autofágia során megvalósuló fehérjelebontási folyamat szinte valamennyi fehérjét érinti, és nagyon precízen szabályozott, többlépcsős bonyolult procedúra. A fehérjének először egy hártyával határolt úgynevezett autofagoszómába kell kerülnie, ami egy gömb alakú, néhány száz nanométer átmérőjű struktúra. Ez a sejten belüli képlet egy lizoszóma közelébe kerülve összeolvad annak membránjával, majd a lebontandó fehérje az emésztőenzimek hatására alkotóelemeire esik szét, melyeket a sejt újrahasznosít, azaz új fehérjéket épít belőle. A fentiek mellett az autofágia fontos jellemzője, hogy nemcsak fehérjék, hanem más molekulák, sőt egész sejtszervecskék is lebomlásra kerülnek, amennyiben autofagoszómába kerülnek.