Amikor a halálos ítélet órája elérkezett, a Duna partján összegyűlt tömeg a megkötözött Agnest a hídra vezette. A szerencsétlen teremtés "remegett, reszketett, jajgatott, panaszkodott sorsa keménysége és az őt ért igazságtalanság miatt." Hiába. A hóhérok megragadták a fiatalasszonyt, és beletaszították a vízbe. A halálraítélt szabadon maradt lábával úszni kezdett a part felé, miközben teli torokból segítségért kiáltozott. A hóhér azonban sietve fogott egy hosszú rudat, amellyel az asszonyt a víz alá nyomta. Agnes Bernauer 1435 októberében "politikai boszorkányként" halt meg. A herceg ugyanis rangon aluli házastársnak tartotta őt fia számára, ezért szerelmi varázslás koholt vádjával átadta menyét a pápai inkvizíciónak. Agnes Bernauer esete azonban csupán egyetlen kiragadott példa a hírhedt pápai intézmény sötét fejezeteiből.
Az inkvizíciót IV. Ince pápa vezette be 1252-ben. Az eltérő becslések egy- és tízmillió közé teszik az inkvizíció által a felvilágosodás korszakáig meggyilkolt emberek számát. Legtöbbjüket elevenen elégették.
Végül már nemcsak a katolikus egyház volt ettől megfertőzve. A reformátorok, mindenek előtt Luther Márton és Kálvin János, a vélt eretnekekkel és boszorkányokkal szemben kegyetlenebbül viselkedtek, mint a pápai inkvizítorok. Az eljárás kezdeményezője azonban kétségkívül Róma. Az Isten nevében elkövetett gyilkosságokat szorgalmasan lejegyezték, majd a levéltárban összegyűjtötték. A római inkvizíció aktái ez év január 22-ig titkosak voltak. Ezen a napon nyitotta meg a katolikus egyház legfőbb hitőrzője, a német Joseph Ratzinger bíboros történészek egy külön kiválasztott seregének a Vatikán titkos archívumát.
A középkori inkvizítorok modern kori hivatalának vezetője szerint ugyanis az egyházat "az igazság érdekli, semmi más". Az igazság azonban az, hogy túlságosan sokáig próbálta a katolikus egyház az inkvizíció bűneit szépíteni vagy legalábbis kisebbíteni. Valójában először csak II. János Pál pápa nevezte az inkvizíció "munkáját" nyíltan szégyennek. Egy 1994-ben kelt, bíborosoknak írt levelében végre kimondta: "Hogyan lehet elhallgatni a hit nevében elkövetett erőszaknak megannyi formáját? A vallásháborúkat, az inkvizíció törvényszékeit és az emberi jogok megsértésének más formáit?" A Péter apostol székében trónoló katolikus egyházfő elismerte, hogy módszereit tekintve az inkvizíció a Gestapo, a KGB és a Stasi előfutára volt. Brutalitását számos európai levéltár jól dokumentálja. A vádlottaknak semmiféle joguk nem volt, a vádló a bíró is volt egy személyben, gyermekeknek a szüleiket, asszonyoknak a férjeiket, férjeknek a feleségeiket kellett besúgniuk. A kínzást nemcsak megengedték, hanem meg is parancsolták. Az eddig hiányzó információkat a római inkvizíció ez évben hozzáférhetővé vált iratainak kell majd feltárniuk: hogyan működött az egyházi megtorló gépezet a nyugati társadalomban. Négyezerötszáz iratköteg várja a Szent Péter téri Palazzo del Sant\'Uffizio termeiben, hogy végre beszélhessen. Az írások sok tekintetben hasonlítanak a volt NDK állambiztonsági minisztériumának (Stasi) jelentéseihez. Miként a Gauck-hivatalban megőrzött Stasi-iratok, úgy a vatikáni titkos dokumentumok is tartalmaznak kihallgatási jegyzőkönyveket, besúgók beszámolóit, bírósági ítéleteket és szakvéleményeket az egyházi hajtóvadászat számtalan áldozatáról. Összességében a most nyilvánosságra hozott anyag a katolikus egyház legsötétebb korszakának alapvető dokumentumgyűjteménye: "Lettere degli Inqisitori" (Inkvizítorok levelei); 225 dokumentumköteg, mely az "egyházbiztonságisok" terjedelmes levelezését tartalmazza; a sienai inkvizíciós bíróság ügyiratai; zsidókkal való bánásmódról szóló anyagok; gazdasági ügyiratok; megvesztegetési összegek pontos adatai.
Ezeket egészíti ki az uzsora, a szodomizmus, a varázslás és a babonaság eseteit tartalmazó ötven könyv, valamint a Szent Hivatal könyvcenzúrájának ügyiratai. Az archívum eredeti ügyiratállománya jóval nagyobb volt, az iratok kétharmada azonban a XIX. század elején elveszett. 1810-ben Napóleon az egész archívumot Párizsba vitette. A Vatikán később visszakapta tulajdonát, ám az anyag Rómába szállításának finanszírozására a Vatikán megbízottjai eladták párizsi műkedvelőknek és kereskedőknek az "értéktelen" perügyiratok egy részét. A kereskedők az inkvizíció hulladékpapírjaiból zacskókat gyártottak, hogy azokba zöldséget csomagoljanak. További anyagok vesztek el az Alpokon átvezető nehézkes úton.
A katolikus inkvizíció római központi hivatalát csupán 1542-ben rendezte be III. Pál pápa – három évszázaddal azt követően, hogy előde, IV. Ince Európa-szerte már létrehozta e hatóságot. Az eretnekek üldözése eleinte főleg az egymástól független inkvizítorok buzgóságára és a világi uralkodók jóindulatára volt bízva. A római inkvizíció ellenben arra volt hivatott, hogy az egyház főhadiszállásán belül fogja össze az újonnan keletkezett, Luther Márton-féle, igen fenyegető eretnekség elleni harcot.
A cenzúrahatóságot 1571-ben alapították meg, válaszul a könyvnyomtatás feltalálására. Johann Gutenberg találmánya ugyanis nagy fejtörést okozott az egyházfőknek: a nép, amelynek ez idáig csak válogatott falatokat adtak a Bibliából, most hirtelen olvasni, s ezzel együtt gondolkodni is tanult. A reformátorok írásait és Luther bibliafordításait milliószámra terjesztették. A tiltott könyvek listáján sok alkotót találunk Olaszországtól Franciaországig, Spanyolországtól Németországig. Sokak nevét az "Opera omnia" (Összes műve) megjegyzéssel egészítették ki. Indexen található az egyházgyűlölő Voltaire, aki az inkvizíció áldozatainak számát tízmillióra becsülte, de a filozófus Immanuel Kant A józan ész kritikája cím? műve is. A frankfurti teológiaprofesszor, Hubert Wolf becslése szerint a Vatikán összesen tízezer könyvet vagy teljes életművet helyezett indexre. Csak a II. vatikáni zsinat távolította el az intellektuális gyámkodás e hagyatékát. A cenzúrahatóság ügyiratai világossá teszik a kirekesztés évszázadokon keresztül eltitkolt okait, hogy miért is veszíthette el valaki Ratzinger bíboros elődeinek a kegyeit.